riquezas de especies de arácnidos en áreas silvestres protegidas de Costa Rica

Presentación

Este documento muestra riqueza de especies de arácnidos (clase “Arachnida) en areas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica

Fuentes de datos: -Registros de presencia de archivos: [Consulta al sistema mundial de informacion en bipdiversidad (GBIF) (https://doi.org/10.15468/dl.ghbhx9) - Poligonos de ASP: [servicio WFS] (https://geos1pne.sirefor.go.cr/wfs) del sistema nacional de areas de conservacion (Sinac)]

#Carga de datos

library(tidyverse)
library(sf)
library(plotly)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)

Carga de datos

Areas silvestres protegidas

asp <- 
  st_read("asp.gpkg", quiet = TRUE) |>
  st_transform(4326)

plot(asp$geom)

Reguistros de precencia de arácnidos

aracnidos <- 
  st_read("aracnidos.csv",
          options = c(
           "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
           "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
          ), quiet = TRUE
  )
# Asignacion del CRS WGS84
st_crs(aracnidos) <- 4326

Visualizacion de datos

Cantidad de registros de presencia de especie

registros_aracnidos_x_especie <-
  aracnidos |>
  st_drop_geometry() |>
  group_by(species) |>
  summarize(cantidad_registros = n()) |>
  filter(species != "") 
  
  grafico_ggplo2 <- 
registros_aracnidos_x_especie |>
  arrange(desc(cantidad_registros))|>
  slice(1:10) |>
ggplot(aes(x = species, y = -cantidad_registros)) +
  geom_col() +
coord_flip() +
  xlab("Especies")
ylab("cantidad de registros") +
  theme_classic()

NULL

ggplotly(grafico_ggplo2) |> config(locale = "es")

Mapa de distribución de la especie centruroides limbatus

centruroides_limbatus <-
  aracnidos |>
  filter(species == "centruroides limbatus")

leaflet() |>
  setView(
    lng = -84,
    lat = 10,
    zoom = 7
  ) |>
  addProviderTiles(provider = providers$CartoDB.Positron, group = "Carto Positron") |>
  addPolygons(
    data = asp,
    color = "darkgreen",
    weight = 1.5,
    stroke = TRUE,
    group = "ASP"
  ) |>
  addCircleMarkers(
    data = centruroides_limbatus,
    color = "black",
    radius = 4,
    stroke = FALSE,
    group = "Centruroides limbatus"
  ) |>
  addLayersControl(
    baseGroups = c("Carto Positron"),
    overlayGroups = c("ASP", "Centruroides limbatus")
  )