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library(leaflet.extras)
library(leafem)riquezas de especies de arácnidos en áreas silvestres protegidas de Costa Rica
Presentación
Este documento muestra riqueza de especies de arácnidos (clase “Arachnida) en areas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica
Fuentes de datos: -Registros de presencia de archivos: [Consulta al sistema mundial de informacion en bipdiversidad (GBIF) (https://doi.org/10.15468/dl.ghbhx9) - Poligonos de ASP: [servicio WFS] (https://geos1pne.sirefor.go.cr/wfs) del sistema nacional de areas de conservacion (Sinac)]
#Carga de datos
Carga de datos
Areas silvestres protegidas
asp <-
st_read("asp.gpkg", quiet = TRUE) |>
st_transform(4326)
plot(asp$geom)
Reguistros de precencia de arácnidos
aracnidos <-
st_read("aracnidos.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
), quiet = TRUE
)
# Asignacion del CRS WGS84
st_crs(aracnidos) <- 4326Visualizacion de datos
Cantidad de registros de presencia de especie
registros_aracnidos_x_especie <-
aracnidos |>
st_drop_geometry() |>
group_by(species) |>
summarize(cantidad_registros = n()) |>
filter(species != "")
grafico_ggplo2 <-
registros_aracnidos_x_especie |>
arrange(desc(cantidad_registros))|>
slice(1:10) |>
ggplot(aes(x = species, y = -cantidad_registros)) +
geom_col() +
coord_flip() +
xlab("Especies")
ylab("cantidad de registros") +
theme_classic()NULL
ggplotly(grafico_ggplo2) |> config(locale = "es")Mapa de distribución de la especie centruroides limbatus
centruroides_limbatus <-
aracnidos |>
filter(species == "centruroides limbatus")leaflet() |>
setView(
lng = -84,
lat = 10,
zoom = 7
) |>
addProviderTiles(provider = providers$CartoDB.Positron, group = "Carto Positron") |>
addPolygons(
data = asp,
color = "darkgreen",
weight = 1.5,
stroke = TRUE,
group = "ASP"
) |>
addCircleMarkers(
data = centruroides_limbatus,
color = "black",
radius = 4,
stroke = FALSE,
group = "Centruroides limbatus"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c("Carto Positron"),
overlayGroups = c("ASP", "Centruroides limbatus")
)